Δεν έχει μόνο να αντιμετωπίσει τον Νίαρ και τον Μέλλο που προσπαθούν να ξεσκεπάσουν τον Κίρα εκ των έσω, αλλά και να ελέγξει τις τρεις προσωπικότητές του.
Οι δολοφονίες σταματούν μόλις φυλακίζεται ο Λάιτ και όλα δείχνουν ότι εκείνος είναι υπεύθυνος. Ωστόσο, ξεσπάει ένα νέο κύμα που δημιουργεί ερωτηματικά για το ποιος έχει στην κυριότητά του το Τετράδιο πλέον.
Ο Ναρούτο, η Σάκουρα και ο Σικαμαρού έχουν μια αποστολή (να βρουν τον Σάσουκε) που τους αποτρέπει από το να προστατεύσουν το χωριό τους που δέχεται επίθεση.
Κατά τη διάρκεια της δοκιμασίας και ενώ προσπαθούν να ανακάμψουν από την μάχη με τον Οροτσιμάρου, νέες περιπέτειες εμφανίζονται για τους τρεις νεαρούς νίντζα.
