Δεν έχει μόνο να αντιμετωπίσει τον Νίαρ και τον Μέλλο που προσπαθούν να ξεσκεπάσουν τον Κίρα εκ των έσω, αλλά και να ελέγξει τις τρεις προσωπικότητές του.
Ο Λάιτ χρησιμοποιεί το τετράδιο για να γλιτώσει από τους πράκτορες του FBI που δρουν στην Ιαπωνία, αλλά δεν υπολόγιζε ότι η γυναίκα ενός (όντας και αυτή πράκτορας) θα ξεκινούσε να τον καταδιώκει.
Ο Ναρούτο, η Σάκουρα και ο Σικαμαρού έχουν μια αποστολή (να βρουν τον Σάσουκε) που τους αποτρέπει από το να προστατεύσουν το χωριό τους που δέχεται επίθεση.
Κατά τη διάρκεια της δοκιμασίας και ενώ προσπαθούν να ανακάμψουν από την μάχη με τον Οροτσιμάρου, νέες περιπέτειες εμφανίζονται για τους τρεις νεαρούς νίντζα.
