Το μέλλον ενός ολόκληρου χωριού κρίνεται από τη μάχη που δίνουν ο Ναρούτο, η Τσουνάντε, ο Τζιράγια και η Σιζούνε ενάντια στον Οροτσιμάρου και τον Κάμπουτο.
Οι δολοφονίες σταματούν μόλις φυλακίζεται ο Λάιτ και όλα δείχνουν ότι εκείνος είναι υπεύθυνος. Ωστόσο, ξεσπάει ένα νέο κύμα που δημιουργεί ερωτηματικά για το ποιος έχει στην κυριότητά του το Τετράδιο πλέον.
Δεν έχει μόνο να αντιμετωπίσει τον Νίαρ και τον Μέλλο που προσπαθούν να ξεσκεπάσουν τον Κίρα εκ των έσω, αλλά και να ελέγξει τις τρεις προσωπικότητές του.
Ο Ναρούτο, η Σάκουρα και ο Σικαμαρού έχουν μια αποστολή (να βρουν τον Σάσουκε) που τους αποτρέπει από το να προστατεύσουν το χωριό τους που δέχεται επίθεση.
