Στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ., η Αθήνα βρίσκεται σε πόλεμο. Προσπαθώντας να τονώσει το ηθικό των συντρόφων του πριν από τη μάχη ενάντια σε έναν πανίσχυρο εχθρό, ο Λέανδρος αρχίζει να τους διηγείται την ιστορία του. Έχοντας δει με τα μάτια του τις φρικαλεότητες των τυραννικών καθεστώτων αλλά και τη δημιουργία ενός νέου πολιτεύματος, ο Λέανδρος αφηγείται μια ζωή γεμάτη κίνδυνο και μεγάλες ιδέες, μια ιστορία για το τέλος της εποχής των θεών και την πολύπλοκη γένεση της δημοκρατίας.
Δεν έχει μόνο να αντιμετωπίσει τον Νίαρ και τον Μέλλο που προσπαθούν να ξεσκεπάσουν τον Κίρα εκ των έσω, αλλά και να ελέγξει τις τρεις προσωπικότητές του.
Οι δολοφονίες σταματούν μόλις φυλακίζεται ο Λάιτ και όλα δείχνουν ότι εκείνος είναι υπεύθυνος. Ωστόσο, ξεσπάει ένα νέο κύμα που δημιουργεί ερωτηματικά για το ποιος έχει στην κυριότητά του το Τετράδιο πλέον.
Ο Λάιτ χρησιμοποιεί το τετράδιο για να γλιτώσει από τους πράκτορες του FBI που δρουν στην Ιαπωνία, αλλά δεν υπολόγιζε ότι η γυναίκα ενός (όντας και αυτή πράκτορας) θα ξεκινούσε να τον καταδιώκει.
Κατά τη διάρκεια της δοκιμασίας και ενώ προσπαθούν να ανακάμψουν από την μάχη με τον Οροτσιμάρου, νέες περιπέτειες εμφανίζονται για τους τρεις νεαρούς νίντζα.
